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设立于盐城市妇幼保健院的江苏省新生儿疾病筛查中心盐城分中心是盐城地区唯一获得省卫计委（原省卫生厅）依法许可和技术准入可以开展新生儿遗传代谢病筛查的机构。其工作目标和任务是对全市辖区范围内出生的新生儿，在新生儿期对严重危害新生儿健康的先天性、遗传性疾病施行专项检查，提供早期诊断和治疗的母婴保健技术，使患儿在临床症状尚未表现之前得以早发现、早诊断、早治疗，从而避免重要脏器如脑、肝、肾等发生不可逆的损伤而导致的生长和智能发育的落后。
目前，我市开展的新生儿遗传代谢病筛查病种有：9种氨基酸代谢障碍、9种有机酸代谢障碍、9种脂肪酸氧化代谢障碍、先天性甲状腺功能减低症（CH）、先天性肾上腺皮质增生症（CAH）等29种疾病。在各级卫生计生行政部门和医疗保健机构的高度重视和正确领导下，通过全体筛查人员共同努力，全市的筛查工作已取得显著成绩，筛查率逐年上升，确诊患儿得到了及时治疗，为提高全市出生人口素质，减少出生远期残疾儿的发生，作出了积极的贡献。（新筛办）